Специалист по геномике, NGS и omics-данные

Кого ищем

Ищем практикующего биоинформатика по NGS и omics, который умеет строить воспроизводимые пайплайны анализа секвенирования: от сырого FASTQ до биологической интерпретации результата.

Обязательно

• FASTQ QC: FastQC, MultiQC
• trimming и фильтрация: Trimmomatic, fastp, Cutadapt
• выравнивание: BWA, Bowtie2, STAR, HISAT2
• форматы BAM/SAM, VCF, BED, GTF/GFF
• variant calling: GATK, bcftools, samtools
• RNA-Seq: count matrices, DESeq2/edgeR, дифференциальная экспрессия
• scRNA-Seq: Seurat или scanpy, кластеризация, UMAP/t-SNE, аннотация клеток
• metagenomics: Kraken2, MetaPhlAn, HUMAnN или аналоги
• workflow-инструменты: Snakemake, Nextflow, Conda/Docker

Будет плюсом

• cloud/HPC для NGS
• long-read sequencing: PacBio, Oxford Nanopore
• сборка генома: SPAdes, Flye, Canu
• аннотация: Prokka, eggNOG, InterProScan
• клиническая геномика и интерпретация вариантов
• multi-omics integration

Инструменты

FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, BWA, Bowtie2, samtools, bcftools, GATK, DESeq2, edgeR, Seurat, scanpy, Kraken2, MetaPhlAn, SPAdes, Prokka, Snakemake, Nextflow, Docker, Conda.

Что особенно ценим

Ценим реальные NGS-проекты (RNA-Seq, exome, WGS, scRNA-Seq, metagenomics), умение строить воспроизводимый пайплайн, опыт интерпретации результатов для биологов и медиков, а также работу с большими файлами на сервере или HPC.