Биоинформатик (по работе с метагеномными данными)

Мы ищем опытного специалиста в области биоинформатики для работы с метагеномными данными. Кандидат будет решать исследовательские задачи, анализировать данные секвенирования и участвовать в написании отчетов и научных публикаций.

Стажировку не рассматриваем, нужен опытный специалист.

• Обработка данных метагеномного секвенирования, включая полногеномное и 16S секвенирование (ONT/Illumina).
• Идентификация функциональных генов и анализ их обогащения в различных выборках.
• Проведение таксономического анализа микробиома.
• Разработка и/или участие в создании специализированных баз данных для хранения и анализа данных.
• Интеграция биоинформатических данных с клиническими и фенотипическими данными.
• Визуализации данных.
• Сбор, анализ и интеграция данных из научной литературы.
• Написание отчетов. Участие в написании научных публикаций в международные журналы.

Требования:

• Высшее образование в области биоинформатки, молекулярной биологии, биотехнологии или смежных дисциплин.
• Навыки программирования на Python/R, Bash и опыт автоматизации биоинформатических процессов.
• Опыт анализа данных метагеномного секвенирования, включая работу с платформами ONT/Illumina.
• Владение инструментами для работы с длинными прочтениями (например, Flye, Minimap2, Canu, MetaMaps, NanoPhase).
• Умение проводить таксономический анализ (н-р, QIIME2, MetaPhlAn, Kraken).
• Знание методов функционального анализа генов (н-р, KEGG, CARD, Abricate).
• Опыт работы с высокопроизводительными вычислительными системами (HPC) и облачными платформами.
• Навыки визуализация данных (н-р, ggplot2, matplotlib, seaborn).
• Опыт самостоятельного подбора и оптимизации инструментов для решения биоинформатических задач в области NGS.
• Английский язык на уровне написания научных статей.
• Опыт написания и публикации научных статей.

Желательно:

• опыт разработки или участия в создании биоинформатических пайпланов.
• Знание подходов к функциональной аннотации геномов.
• Знание принципов организации и управления биоинформатическими базами данных.
• Знание основ разработки баз данных (настройка схем, работа с SQL, интеграция баз в пайпланы анализа).
• Знание основ статистики будет плюсом.

Личные качества:

• способность к самостоятельному поиску и внедрению инструментов и подходов для решения исследовательских задач;
• умение анализировать большие объемы данных и предлагать оптимальные подходы к их обработке;
• ответственность, организованность и инициативность;
• открытость к новым технологиям и методам анализа;
• умение эффективно работать в междисциплинарной команде.

В сопроводительном письме ждем Ваши ответы на вопросы:

1. Какие проекты были связаны с обработкой метагеномных NGS данных? Отдельно опишите, пожалуйста, проекты на основе 16S данных - и на основе данных полногеномного секвенирования.
2. Какой инструментарий использовали при анализе?

Зарплата зависит от опыта и знаний.

При полном соответствии требованиям 150000 рублей (на руки) в месяц. Заработная плата может быть выше при наличии опыта, знаний,умений из пункта "желательно".

Условия:

• Оформление по ТК РФ с первых дней работы. Своевременная выплата заработной платы, отпускных, больничных.
• Пятидневная рабочая неделя 40-часовая рабочая неделя, имеется возможность согласовать с непосредственным руководителем оптимальное время прихода и ухода с работы (удаленный формат работы не рассматриваем).
• Ежегодный оплачиваемый отпуск 28 календарных дней, для кандидата наук (по профилю) - 42 календарных дня.
• Оборудованное место для питания, кофемашина.
• Озелененная территория вокруг лаборатории.
• Возможность участия в конференциях, семинарах.
• Ближайшее метро - Крылатское, Молодежная.
• Резюме ожидаем на русском языке.