ML/DL Researcher для дизайна белков

Обязанности

О группе:

Мы — мультидисциплинарная команда исследователей, работающая на стыке биоинформатики, структурной биологии и искусственного интеллекта. Основной фокус нашей группы — вычислительный дизайн белков, включая создание новых биомолекул с заданными свойствами для применения в медицине, биотехнологии и фундаментальной науке. Мы используем новейшие подходы из области машинного обучения, в том числе генеративные модели, предсказание структуры.

Обязанности:

• Разработка и применение ML/DL-алгоритмов для задач de novo дизайна белков, оптимизации стабильности, специфичности и функций белковых молекул
• Использование и/или доработка современных архитектур (AlphaFold, RoseTTAFold, ProteinMPNN, Diffusion-based models и др.)
• Интеграция структурных, функциональных данных и данных о последовательностей белков для обучения многоуровневых моделей
• Валидация in silico результатов в сотрудничестве с экспериментальными лабораториями

• Подготовка научных публикаций, заявок на гранты, выступления на международных конференциях

Требования

• Уверенные знания в области алгоритмов ML/DL (в частности, генеративные модели, графовые нейросети, трансформеры)
• Опыт работы с белковыми структурами и последовательностями, знание форматов (PDB, mmCIF), библиотек (Biopython, PyRosetta, MDAnalysis и др.)
• Владение Python, знание PyTorch или TensorFlow
• Умение разрабатывать воспроизводимые пайплайны анализа и работы с HPC
• Опыт публикаций в ведущих научных журналах

Желательно:

• Опыт работы с диффузионными моделями для генерации белков
• Знание методов оценки белковых структур и свободной энергии (Rosetta, FoldX, MD-симуляции)
• Работа с крупными наборами белковых данных (UniProt, AlphaFold DB, PDB, ProteinNet и др.)

• Участие в проектах в области directed evolution, синтетической биологии или терапии на основе белков

Условия

• Участие в передовых проектах с высоким научным и прикладным потенциалом
• Современные вычислительные ресурсы (GPU/кластер) и доступ к экспериментальной валидации
• Поддержку публикационной активности и профессионального роста Интеллектуальную атмосферу, сильную научную команду и свободу для реализации собственных идей
• Гибридный график работы
• ДМС с первого рабочего дня
• Достойная заработная плата + годовой бонус
• Локация: Москва-Сити