Биоинформатик (разработка пайплайнов для анализа NGS)

Институт синтетической биологии и генной инженерии ФГБУ "ЦСП" ФМБА России занимается прикладными научными исследованиями в области генетики и здоровья человека, разработки лекарств, вакцин, тест-систем, разработки информационных систем для науки. Команда Института — это эксперты в области биологических наук, медицины, биоинформатики, ИТ.

Отдел эпигенетических методов исследования приглашает на работу Биоинформатика-разработчика.

Стек технологий:

• Языки программирования: Python, Bash.
• Оркестрация пайплайнов: Apache Airflow.
• Биоинформатические пакеты: Biopython, R.
• Веб-фреймворк: Flask.

Обязанности:

• Разработка, настройка и поддержка автоматизированных пайплайнов первичного анализа данных NGS.
• Создание и поддержка специализированных инструментов для биоинформатического анализа, в первую очередь для анализа структурных вариантов.
• Автоматизация рутинных процессов обработки данных.
• Интеграция и поддержка внутренних биоинформатических сервисов.

Требования:

• Высшее техническое, математическое или биоинформатическое образование.
• Опыт программирования для создания инструментов обработки данных.
• Практические навыки владения указанным стеком технологий (Python, Bash, Airflow, Biopython, R, Flask).
• Вовлеченность в биоинформатику, понимание принципов работы с NGS-данными.
• Готовность к методической работе, составлению технической документации и служебных записок.

Организационные требования:

• Гибридный формат работы 3 дня в офисе в г. Москва и 2 дня удаленно после прохождения испытательного срока.
• Полная занятость, пятидневная рабочая неделя.

Будет плюсом:

• Опыт работы с системами HPC (вычислительными кластерами).
• Знание методов анализа структурных вариантов.
• Опыт контейнеризации приложений (Docker).
• Наличие открытых репозиториев на GitHub/GitLab.