Специалист по структурной биологии, drug discovery и молекулярному моделированию

Кого ищем

Ищем специалиста по структурной биологии, моделированию белков и computational drug discovery, который уверенно работает с белковыми структурами, лигандами, докингом, AlphaFold и MD-симуляциями.

Обязательно

• PDB, белковые структуры, подготовка лигандов
• докинг: AutoDock Vina, Glide, GOLD, DOCK или аналоги
• homology modeling: MODELLER, SWISS-MODEL или аналоги
• AlphaFold/ColabFold: понимание входов и метрик доверия (pLDDT, PAE)
• PyMOL, Chimera/ChimeraX, VMD
• молекулярные взаимодействия: водородные связи, гидрофобные контакты, электростатика
• понимание ограничений docking score и предсказаний AlphaFold
• подготовка белка и лиганда: protonation, charges, binding site

Будет плюсом

• GROMACS/AMBER/NAMD для MD белков
• MM/PBSA, MM/GBSA
• virtual screening и pharmacophore modeling
• связка с RDKit/QSAR
• опыт drug discovery в pharma/biotech

Инструменты

AutoDock Vina, PyMOL, ChimeraX, GROMACS, AMBER, NAMD, MODELLER, SWISS-MODEL, AlphaFold, ColabFold, PDB, UniProt, RDKit.

Что особенно ценим

Ценим проекты по докингу, virtual screening и моделированию белков, опыт анализа белок-лигандных взаимодействий, публикации по structural bioinformatics и умение честно объяснить, почему докинг не равен доказательству активности.

Менеджер Елена Левина

Telegram