Биоинформатик - научный сотрудник

Отдел системной биологии и биоинформатики ФГБУ «ЦСП» ФМБА России ищет биоинформатика с опытом работы с NGS-данными и подготовки научных статей.

Наш отдел выполняет научные исследования в области биоинформатики, разрабатывает пайплайны для обработки и анализа данных WGS, а также проводит научно-медицинские исследования и методические работы. Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность.

Мы будем рады видеть в наших рядах инициативных и ответственных сотрудников, которые заинтересованы в получении качественного результата.

Обязанности

• Сбор и анализ литературных данных по тематике исследований;
• Тестирование биоинформатических программ, воспроизведение чужих расчетов и результатов, проверка воспроизводимости расчетов;
• Разработка новых и доработка имеющихся пайплайнов, написание скриптов с использованием таких технологий и инструментов как Docker (Nexus), Git (GitLab), Jenkins, CWL (Rabix);
• Планирование, организация и проведение «мокрых» и «сухих» экспериментов по валидации методов секвенирования и результатов биоинформатического анализа данных NGS;
• Визуализация данных и составление отчетов по проектам, оформление результатов работы в публикации;
• Написание научных публикаций;
• Сравнение результатов работы биоинформатических программ и пайплайнов с аналогами, визуальное представление результатов сравнения;
• Валидация и сравнение результатов работы биоинформатических программ и пайплайнов, оценка их точности и чувствительности, а также скорости работы и ресурсоемкости.

Требования

• Знание основ биологии, генетики человека.
• Знание технологий секвенирования следующего поколения.
• Уверенное владение bash-ом.
• Понимание формата VCF, навыки работы с ним.
• Навыки тестирования ПО.
• Умение и желание готовить научные публикации.

Преимущества

• Опыт написания научных статей (в области биоинформатики).
• Знание основ статистики (в том числе понятия точности и чувствительности, ROC-кривые и т.д.).
• Опыт работы с геномными браузерами (IJV, NGB): установка, настройка, уверенное использование в работе.
• Навыки работы с базами данных (dbSNP, ClinVar, GNOMAD, UniProtGeneCards и т.д.) и биоинформатическими интернет-ресурсами.
• Навыки визуализации на Python, R.

Условия

• Рабочий график: 5/2 (полностью очно).
• Рабочее время: с 9:30 до 18:00, включая 30 мин. на обед.
• Оборудованное индивидуальное рабочее место с современным мощным ноутбуком и двумя мониторами.

Компенсация

• Зарплата: обсуждается по итогам собеседования.
• Возможна работа над диссертацией, имеется свой диссертационный совет.
• Возможно посещение конференций и других мероприятий по теме работы.
• Парковка: оговаривается индивидуально.
• Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике.

Для отклика: напишите, пожалуйста, с какими NGS данными Вы работали, какие инструменты использовали.